Il faut attendre la fin du mois de juin 1720, soit près d’un mois après l’arrivée du Grand Saint-Antoine, pour que le bureau de santé prenne de réelles mesures sanitaires. Après la vague soudaine de décès parmi les membres de l’équipage et les portefaix en contact avec les marchandises, les autorités du port commencent à s’inquiéter. Hélas il est déjà trop tard...des tissus sortis en fraude des infirmeries ont déjà transmis la peste dans la ville.
La peste se transmet aux hommes de deux manières : par le contact, notamment celui avec les cadavres qu’il ne faut pas toucher, mais surtout par les puces des rats. Celles-ci, en effet, adorent se réfugier dans les ballots de laine et de soie. Il y fait sec et chaud, c’est l’endroit idéal pour prospérer ! Les puces doucement installées dans les ballots de soie forment une sorte de bombe à retardement ...

L’entassement, le parasitisme et le manque d’hygiène ordinaires dans la ville créent les conditions idéales pour la prolifération de l’épidémie !

Voici ce qu’en disait Jean-Baptiste Bertrand, docteur en médecine du Collège et de l'Académie des Belles-Lettres de Marseille le 15 juin 1720 , dans son ouvrage publié en 1779  Relation historique de la peste de Marseille en 1720 :

«La maladie cependant et la mortalité continuent sur le bord du Capitaine Chataud : le 12 Juin, le Garde qu'on met sur tous les Navires pendant leur quarantaine, mourut ; et le 23, un de ses Mousses tomba encore malade ; et dans le même temps, deux des Portefaix employés à la purge de ses marchandises sont aussi pris de maladie ; et dans la suite, un troisième, commis à celles du Capitaine Aillaud. La maladie de ces trois hommes est la même, et se termine également par une mort prompte en deux ou trois jours. Le Chirurgien des Infirmeries déclare toujours que ce sont des maladies ordinaires. Soit ignorance, soit complaisance de la part de ce Chirurgien, il a porté la peine de l'un ou de l'autre, par une mort funeste, et par celle de toute sa famille.»