Presque toutes les boutiques présentaient désormais des volets clos et des barrières ayant été installées aux confins du terroir par les communes voisines, la ville n’était plus ravitaillée. Le pain, aliment de première nécessité, avait considérablement renchéri comme toutes les autres denrées ; il venait à manquer et un conflit avait éclaté entre la garnison et les autorités de la ville à ce sujet. Le 3 août, la pénurie provoqua un début d’émeute dans les quartiers de l’agrandissement urbain.

En cette fin juillet, dominaient toujours à Marseille intra-muros, simultanément, le doute et la terreur : doute persistant quant à la nature de la « contagion » et terreur quant à la certitude de ses effets : « à mesure que toutes les affaires cessoient, que le commerce s’interdisoit d’un jour à l’autre, on ne s’entretenoit plus que de la maladie. Toutes les conversations ne rouloient que là-dessus. C’étoit la gazette du temps », témoigne le Père Giraud.

Dans la nuit du 21 juillet 1720, un très violent orage avait frappé Marseille où la foudre était tombée plusieurs fois sans faire de victimes. La thèse des mauvais aliments causant la maladie, convainquait de moins en moins et l’on commençait parmi le peuple à interpréter cet épisode météorologique comme le signe évident de la colère divine.

Le débat « scientifique » retarda en partie l’organisation des mesures à prendre contre les conséquences désastreuses de la peste. La dispute opposant les médecins à propos de la nature du mal arrangeait l’échevinat qui ne songeait qu’à éviter d’alarmer le peuple (Publication # 11). Ces incertitudes n’auraient toutefois pas dû conduire à repousser les dispositions que la situation sanitaire eût exigé, estimait le Père Giraud, qui était partisan du confinement.

Contrairement à ce qu’avaient affirmé et cru les échevins et le Premier chirurgien de santé attaché aux Infirmeries (Publication # 10), la « contagion » n’avait pas disparu et elle avait bel et bien pénétré dans les quartiers de la vieille ville : une véritable hécatombe était en cours rue de l’Escale et autour de l’église Saint-Martin.

Le 14 juillet, les échevins furent bien obligés de ne plus accepter la délivrance de patentes nettes. Toutefois, comme ils ne voulaient pas non plus faire donner des patentes soupçonnées et, encore moins, des patentes brutes pour ne pas dissuader les navires étrangers de relâcher à Marseille, ils suspendirent cette attribution. Ils informèrent néanmoins tous les ports d’Europe que la « contagion » sévissait dans le port tout en refusant toujours d’admettre les progrès qu’accomplissait la maladie en ville.

Les malades étaient transportés aux Infirmeries où ils étaient traités avec les moyens de l’époque. Le chirurgien Laforest, contaminé en raison de l’administration malheureuse d’une saignée sur trois patients, mourut après avoir reconnu la peste lui aussi.

La situation était déjà très grave. Le 10 juillet, Eissalène, le jeune malade de la place de Lenche expirait : la maladie avait donc gagné le sud de la vieille ville. Mr Moustier, échevin, fit aussitôt évacuer et murer la maison. Le 11 juillet, un évènement semblable se reproduisait.

Le médecin Bertrand résume la progression du mal en ce début de juillet 1720 : après les marins sur le bateau, les gardes et les portefaix aux Infirmeries, les artisans, en contact avec les tissus, étaient morts en ville intra-muros. La peste s’était donc bien trouvée à bord du Grand-Saint-Antoine.

Le 28 juin est une date qui marque le début de la peste à l’intérieur de Marseille intra-muros. On a vu au cours des épisodes précédents comment la maladie avait pu franchir les murs des infirmeries (circulation des passagers et du linge). Dès le 20 juin, une femme était déjà tombée malade rue Belle-Table mais le chirurgien des infirmeries, dépêché sur place par les échevins, ne reconnut pas davantage les signes de la peste malgré le bubon sorti sur la lèvre de la victime.