Le débat « scientifique » retarda en partie l’organisation des mesures à prendre contre les conséquences désastreuses de la peste. La dispute opposant les médecins à propos de la nature du mal arrangeait l’échevinat qui ne songeait qu’à éviter d’alarmer le peuple (Publication # 11). Ces incertitudes n’auraient toutefois pas dû conduire à repousser les dispositions que la situation sanitaire eût exigé, estimait le Père Giraud, qui était partisan du confinement.

Contrairement à ce qu’avaient affirmé et cru les échevins et le Premier chirurgien de santé attaché aux Infirmeries (Publication # 10), la « contagion » n’avait pas disparu et elle avait bel et bien pénétré dans les quartiers de la vieille ville : une véritable hécatombe était en cours rue de l’Escale et autour de l’église Saint-Martin.

Le 14 juillet, les échevins furent bien obligés de ne plus accepter la délivrance de patentes nettes. Toutefois, comme ils ne voulaient pas non plus faire donner des patentes soupçonnées et, encore moins, des patentes brutes pour ne pas dissuader les navires étrangers de relâcher à Marseille, ils suspendirent cette attribution. Ils informèrent néanmoins tous les ports d’Europe que la « contagion » sévissait dans le port tout en refusant toujours d’admettre les progrès qu’accomplissait la maladie en ville.

Les malades étaient transportés aux Infirmeries où ils étaient traités avec les moyens de l’époque. Le chirurgien Laforest, contaminé en raison de l’administration malheureuse d’une saignée sur trois patients, mourut après avoir reconnu la peste lui aussi.

La situation était déjà très grave. Le 10 juillet, Eissalène, le jeune malade de la place de Lenche expirait : la maladie avait donc gagné le sud de la vieille ville. Mr Moustier, échevin, fit aussitôt évacuer et murer la maison. Le 11 juillet, un évènement semblable se reproduisait.

Le médecin Bertrand résume la progression du mal en ce début de juillet 1720 : après les marins sur le bateau, les gardes et les portefaix aux Infirmeries, les artisans, en contact avec les tissus, étaient morts en ville intra-muros. La peste s’était donc bien trouvée à bord du Grand-Saint-Antoine.

Le 28 juin est une date qui marque le début de la peste à l’intérieur de Marseille intra-muros. On a vu au cours des épisodes précédents comment la maladie avait pu franchir les murs des infirmeries (circulation des passagers et du linge). Dès le 20 juin, une femme était déjà tombée malade rue Belle-Table mais le chirurgien des infirmeries, dépêché sur place par les échevins, ne reconnut pas davantage les signes de la peste malgré le bubon sorti sur la lèvre de la victime.

Presque un mois après l’arrivée du Grand Saint-Antoine dans la rade de Marseille, plusieurs marins et portefaix avaient déjà été terrassés par la maladie. Le portefaix est aussi un ancêtre du docker ; son travail consistait à charger, décharger, transporter et retourner la marchandise pour qu’elle soit bien aérée : c’était ce que l’on appelait « purger » la marchandise.

Il faut attendre la fin du mois de juin 1720, soit près d’un mois après l’arrivée du Grand Saint-Antoine, pour que le bureau de santé prenne de réelles mesures sanitaires. Après la vague soudaine de décès parmi les membres de l’équipage et les portefaix en contact avec les marchandises, les autorités du port commencent à s’inquiéter. Hélas il est déjà trop tard...des tissus sortis en fraude des infirmeries ont déjà transmis la peste dans la ville.

À la fin du mois de mai, quelques jours seulement après l’arrivée du Grand Saint Antoine, trois autres navires venant de méditerranée orientale arrivent à Marseille. Tous viennent avec une patente brute. Mais malgré ces soupçons de peste, est appliquée la même procédure négligente que pour le Grand Saint Antoine. Les marchandises, qui auraient dû purger aux îles, sont débarquées au Lazaret d’Arenc où avaient déjà abordé les passagers.