La désinfection des lieux empestés perdura de très longs mois. Au fur et à mesure que la maladie reculait, les survivants reprenaient possession des lieux « empestés » et procédaient méthodiquement à la désinfection. Entamée dans la ville intra-muros dès la mi-septembre avec l’arrivée du commandant Langeron (Publication # 41), celle-ci commença dans le terroir en janvier.

Éduqué chez les Jésuites, Mgr de Belsunce s’opposait à la minorité de jansénistes de son diocèse, c’est-à-dire essentiellement aux Oratoriens, lesquels détenaient depuis 1625 le Collège municipal créé par délibération du corps de ville et fermé le 5 août 1720. Le très long affrontement théologique des Jansénistes et des Jésuites regardait la manière d’assurer le Salut, envisagé comme collectif. Sans la « grâce efficace », estimait le théologien Cornelius Jansen (†1638), l’homme ne pouvait préférer les volontés divines aux satisfactions humaines.

L’humidité semblait rallumer encore la peste dans les quartiers nord-est très excentrés de Marseille. L’exemple du Mre Giraud, prêtre de Saint-Jean-du-Désert, qui avait contaminé nombre de ses paroissiens en cachant son mal, montre que tous les prêtres n’usaient pas des mêmes précautions pour confesser les malades. Par force, beaucoup de confessions étaient devenues quasi publiques tant la distance physique des prêtres avec leurs paroissiens malades s’était étendue.

Les hommes de ce temps s’en rapportaient à l’observation de ceux qui avaient vu des pestes dans le Levant. Les pestes, disait-on, s’étendaient entre deux équinoxes, notion astronomique. La peste de Marseille ayant débuté à la Saint-Jean devait donc s’achever à la Noël puisque les pestes du Levant commençaient au solstice d’hiver pour s’éteindre au solstice d’été. Toutefois, force était de reconnaître que, si la situation s’était très grandement améliorée à Marseille intra-muros, la peste sévissait toujours dans le terroir.

Il ne fut pas possible de célébrer la naissance du Christ à l’intérieur des églises selon la coutume. Mgr de Belsunce fut donc obligé de limiter les festivités à trois messes par église. Et encore devaient-elles être dites et chantées au tambour, c’est-à-dire dans une sorte de SAS en bois situé à l’entrée de l’église. Malgré les précautions prises par les prêtres, le commandant Langeron, qui redoutait les conséquences préjudiciables de ces rassemblements sur la santé, en fut très contrarié.

Nous devrons désormais nous passer du récit du l’avocat de la Communauté Pichatty de Croissainte, lequel a mis un terme à son journal aux fins de le faire immédiatement publier.

La peste était pourtant loin d’avoir disparu et elle meurtrissait le terroir aussi implacablement qu’elle avait frappé la ville intra-muros. Des scènes de confusion et d’horreur s’y répétaient tristement.

La désinfection était une opération qui faisait, elle aussi, l’objet d’une surveillance étroite de la part des autorités urbaines. Les maisons infectées ou soupçonnées de l’être avaient été marquées d’une croix rouge. La désinfection était exécutée sous la surveillance des commissaires des quartiers et des îlots. Ceux-ci accomplissaient toujours deux rondes quotidiennes dans leur secteur et agissaient selon un protocole sanitaire très strict. Dans le secteur de la Charité, des religieux devaient également veiller à la désinfection des lieux de culte.

Les couples ne songeaient déjà plus qu’à convoler en justes noces et ces unions étaient des motifs de rassemblements à l’église rouverte pour la circonstance. C’était là l’occasion de nouvelles contaminations.

Les pillages nocturnes étaient devenus tristement habituels depuis le « plus fort de la peste » et avaient en partie motivé la décision du roi de dépêcher six régiments d’infanterie à Marseille pour exécuter les ordres du commandant de la ville (Publication # 26). Les corbeaux et les garde-malades, qui de par leurs fonctions accédaient en tous lieux, comptaient quelquefois parmi les malfaiteurs.